В начале октября 1942 года 1-я эскадрилья во главе с командным составом полка была отведена в тыл с целью получения новой техники и формирования на ее базе штурмового авиационного полка (с тем же номером). 2-я эскадрилья осталась в качестве самостоятельной в составе отдельной морской авиагруппы в составе ВВС Черноморского флота. К этому моменту 46-м полком на самолетах УТ-1б было совершено порядка 800 боевых вылетов.
Переформирование полка (с 13 октября 1942 года) происходило в Мордовии (аэродром Чамзинка под Саранском), где летный состав начал переучивание сначала на лёгкие бомбардировщики Р-10, а с ноября 1942 года — на штурмовики Ил-2.
